O artigo está bem fundamentado, entretanto, data vênia discordo. O tema tem respaldo no âmbito constitucional, administrativo e econômico. Pois bem, vejamos.

De início, no que tange ao aspecto constitucional, verifica-se no art. 21, XX, da Constituição Federal diz: “Compete à União instituir diretrizes para o desenvolvimento urbano, inclusive habitação, saneamento básico e transportes urbanos”; ainda, em seu art. 22, incisos IX e XI: Compete privativamente à União legislar sobre diretrizes da política nacional de transportes e, ... trânsito e transporte.

A Constituição Federal tratou de instituir a competência da União para regular matérias de caráter geral sobre transportes. Podemos observar que diz: “instituir diretrizes” e “legislar sobre diretrizes”. Neste interim, não exclui a competência suplementar dos Estados e Municípios.
Vejamos o art. 30 da CF, incisos I, II e V:

Art. 30. Compete aos Municípios:
I - legislar sobre assuntos de interesse local;
II - suplementar a legislação federal e a estadual no que couber;
V - organizar e prestar, diretamente ou sob regime de concessão ou permissão, os serviços públicos de interesse local, incluído o de transporte coletivo, que tem caráter essencial;

Assim sendo, quanto a questão de constitucionalidade, concluímos que os Municípios poderão sim regular aspectos suplementares sobre as questões de transportes. Somente, deverão observar as diretrizes Federais e Estaduais.

Não obstante, quando se trata de transportes, como visto, a Constituição deixou claro que o próprio Poder Público organizará e fornecerá o serviço diretamente, a exceção diz respeito as hipóteses de concessão ou permissão.

Neste interim, faz sentido o que dispõe o próprio CTB (LEI Nº 9.503, DE 23 DE SETEMBRO DE 1997) no seu art. 231:

Art. 231. Transitar com o veículo:
VIII - efetuando transporte remunerado de pessoas ou bens, quando não for licenciado para esse fim, salvo casos de força maior ou com permissão da autoridade competente:
Infração - média;
Penalidade - multa;
Medida administrativa - retenção do veículo;

Por fim, ainda, existem reflexos na matéria econômica.

Creio que independente da natureza jurídica deste transporte realizado pelo aplicativo Uber, ele fere as políticas econômicas e o princípio da livre concorrência. Visto que, mesmo que venha a ter natureza jurídica de atividade de transporte privado individual de passageiros mediante remuneração, não há distinção prática entre uma ou outra natureza jurídica, sendo que, terá o mesmo efeito.

Neste sentido, a Lei nº 12.529, de 30 de novembro de 2011, em seu art. 1º dispõe:

Art. 36. Constituem infração da ordem econômica, independentemente de culpa, os atos sob qualquer forma manifestados, que tenham por objeto ou possam produzir os seguintes efeitos, ainda que não sejam alcançados:
I - limitar, falsear ou de qualquer forma prejudicar a livre concorrência ou a livre iniciativa;

Assim sendo, independente da natureza jurídica, se uma atividade sequer ameaçar de qualquer forma a livre concorrência, está caracterizado o ilícito. Ademais, mesmo que a atividade dos taxistas seja de prestação indireta do serviço público de transporte, tem finalidade também de atividade econômica, devendo ser protegida.